《钢之炼金术师FA第二季》动漫全集又名《钢之炼金术师2009》讲述故事发生在一个炼金术相当发达的世界(这里所指的与历史记载之实际炼金术的定义不同)。在这个世界的炼金术,是以理解物质的内在的法则:理解,分解,再构造成立,进行炼金术必须按照等价交换法则:为了获得某种东西,炼金术师需要以同等的代价交换(例如:漫画中阿尔冯斯为修补断了手的铠甲,而从铠甲上提取定量之金属去炼成新的一只手),代价不够的话便需要以自己的任何部份(例如:身体的一部分、记忆等等)被作为代价的填补而被拿走(漫画版及《钢之炼金术师FA》动画全集是一部剧情与画风俱佳的动漫,中为通行费)。 爱德华和他的弟弟阿尔冯斯十分思念在他们还小的时候亡故的母亲,为了再次见到母亲的微笑,而进行了炼金术中最大的禁忌人体炼成,一种将死者复活的炼成术。可是因为炼成时的反弹效应,阿尔则失去了全身,爱德进入真理之门中付出通行费左脚。为了换回弟弟,爱德华牺牲自己的右臂作为代价将弟弟的灵魂炼成,并将弟弟阿尔冯斯的灵魂固定在一副铠甲上。从此爱德华和阿尔冯斯为了取回他们所失去的一切,开始踏上了找回自己身体的旅程。爱德华失去的右臂和左腿由钢制义肢机械铠来替代,因此大总统给予钢的称号,而人们就称他为钢之炼金术师。